Anthropic 解析 3D 细菌库:96 个蛋白副本,纯化缩至 90 分钟

11 月 5 日,Anthropic 公布一项研究进展:研究团队借助 Claude 首次解析出原核生物 Vault 的三维结构。这是一种早在 1986 年就被发现、在细胞内广泛存在却长期不知功能的囊泡复合物,人类细胞里同类结构数以万计,作用至今没有定论。核心成果是建出一个含 96 个相同蛋白副本的三维细菌库,冷冻电镜分辨率达到 3.2 埃。

从 150 亿条序列里筛同源物

团队从约 150 亿条预测序列中筛选同源蛋白,覆盖 29 个细菌门与 4 个古菌门,最终选出 44 个候选做实验验证,其中 7 个在大肠杆菌中成功组装成穹窿样颗粒,冷冻电镜确认其中 4 个候选的完整闭合结构。重点解析的噬菌体 L05 蛋白颗粒长 54.5 纳米、宽 47.5 纳米,每条链含 7 个壁重复序列,而人类 MVP 结构为 9 个;L05+2 变体的内部体积再增加约 20%,总体约为人类穹窿体积的一半。

模型参与研发链条,纯化 3 天压到 90 分钟

Claude 参与了蛋白搜索、DNA 序列设计、纯化流程优化和冷冻电镜数据处理,纯化时间从约 3 天缩短到约 90 分钟,首个完整结构模型 34 小时生成,常规流程往往要数周。Anthropic 也如实记录了模型的两次失误:建议的添加剂干扰了 DNA 递送,导致研究延误约两周;跳过标准步骤时生成了不准确的结构图。更早时候 Anthropic 已把 Claude 用于药企研发外包,本站此前的深度稿记录了那条路线:Anthropic 造药:Claude 接手 6 家药企研发与 1 人药企。