分子之心 MMDesign：19 个抗体设计项目 18 个成功

10 月 29 日，分子之心发布 AI 蛋白质从头设计平台 MMDesign 的技术报告，覆盖 18 个不同靶点、纳米抗体和大环肽两类分子模态共 19 个设计项目，报告称项目成功率达到 94.7%。

两把尺子：94.7% 与 30.7%

传统抗体发现要么依赖动物免疫，要么在抗体库里做地毯式搜索。MMDesign 的路径是从功能需求出发直接设计分子序列，不依赖任何已知结合分子做参考改造，报告称这正是从头设计区别于改造已知分子的价值，也是面对没有先例可循的靶点时的意义。

流程被固定成生成、筛选、验证三段：先在计算空间生成数万个候选，再经结构可靠性、序列天然性和统计物理的多层评估，把单个项目的候选集合压缩到 9 到 50 个，中位数 21 个。最终 19 个项目里有 18 个获得可结合分子，项目成功率 94.7%；453 个受测候选中有 139 个确认结合，候选命中率 30.7%。两把尺子口径不同，94.7% 衡量一个项目能否至少找到一个结合分子，30.7% 衡量受测候选中真正命中的比例。另有 15 个项目拿到至少两个结合分子，占全部项目近八成，研发团队可以在多个候选之间比较优化。

GPCR 这个硬骨头

GPCR 是制药业最重要的药物靶点家族之一，但作为膜蛋白构象多变，暴露在细胞外可供抗体结合的区域又很有限，一直是抗体从头设计公认的难点。报告针对 CCR7、CCR8、EP2、GPR68、NK3R、A2AR 六个 GPCR 靶点开展从头设计，全部成功获得实验确认的结合分子。在报告所用的 BLI 检测条件下，各靶点候选命中率介于 12.1% 到 100%，六个靶点最优结合分子的亲和力均达纳摩尔级，GPR68 的最优 KD 低至 12.1 纳摩尔。NK3R 的 30 个受测候选全部确认结合，命中率 100%；GPR68 的 11 个候选中 10 个命中。

更严的一组测试来自 Thera-SAbDab 数据库 PL132，在检索查无已编目治疗性抗体先例的 5 个 GPCR 靶点上，89 个受测设计有 53 个获得结合，候选命中率 59.6%。没有参考答案还能做到这个水平，才算把从头设计做成了可重复的能力。

对药企意味着什么

把低价值候选尽早在计算端排除，实验资源就能集中押在高潜力分子上，这是从海量筛选转向精准设计的关键。医疗 AI 的落地路径可以参照 讯飞医疗星火 V3.7 登顶 MedBench 5.0，两者都在回答同一个问题：模型能力如何变成药企和医院愿意买单的指标。